Dňa 1. januára 1993 vznikla Armáda Slovenskej republiky. Na základe nariadenia Velenia armády SR č. 01051 z roku 1993 prišlo k organizačným zmenám
a ,,Bratislavský" Strážny prápor bol reorganizovaný na Pluk hradnej a čestnej stráže a od 1. októbra 1995 Pluk čestnej stáže. Základný predpis Armády SR Zákl-1 definoval čestnú stráž ako vojenskú jednotku určenú na vzdávanie pocty, podriadenú veliteľovi posádky a náčelníkovi posádkovej správy.
Pluk tvorili dva prápory čestnej stráže. Jeden z práporov bol určený na plnenie úloh pre prezidenta Slovenskej republiky a druhý plnil úlohy v zmysle jednotného štátneho protokolu v prospech ostatných ústavných činiteľov a najvyšších vojenských funkcionárov. Miesto výkonu čestného stráženia sa po rozdelení ČSFR stal od 2. marca 1993 Bratislavský hrad, neskôr od 24. novembra 1993 Primaciálny palác a od 30. septembra 1996 Prezidentský palác (Grasalkovičov palác).
Vznik samostatného útvaru Čestnej stráže prezidenta Slovenskej republiky, ako ho vnímame dnes, sa viaže k 1. augustu 2001, v súvislosti so schválením zákona č. 321/2002 Z. z. o Ozbrojených silách SR.
Vznik útvaru Čestnej stráže prezidenta Slovenskej republiky, ako ho vnímame dnes, sa viaže k 1. augustu 2001, v súvislosti
so schválením zákona č. 321/2002 Z. z. o Ozbrojených silách SR.
História útvaru Čestnej stráže prezidenta Slovenskej republiky je úzko spätá s históriou a vznikom Hradnej stráže v Prahe a so vznikom Prvej Československej republiky dňa 28. októbra 1918. Prvou jednotkou vykonávajúcou úlohy spojené s ochranou vtedajšieho sídla prezidenta - Pražského hradu sa stala tzv. Sokolská stráž. Jednotka bola súčasťou Národnej stráže a tvorilo ju 34 príslušníkov Českej obce sokolskej. Členmi hradnej stráže sa neskôr stali aj československí legionári, ktorí bojovali na francúzskom, talianskom a ruskom fronte.
Po celé obdobie tzv. prvej republiky a v priebehu septembrovej mobilizácie v roku 1938 bola Hradná stráž v plnej pohotovosti pripravená brániť hrad. Dňa 29. júna 1939 po okupácii Česko-Slovenska a zriadení Protektorátu Čechy a Morava bola Hradná stráž zrušená. Nahradil ju prvý prápor Vládneho vojska, ktorý mal za úlohu strážiť prezidenta Emila Háchu a tretie nádvorie Pražského hradu.
Po ukončení druhej svetovej vojny v roku 1945 bola síce Hradná stráž obnovená, ale po komunistickom prevrate vo februári 1948 prevzal jej úlohy útvar Zboru národnej bezpečnosti. Hradná stráž tak prišla o svoje výsadné postavenie a stala sa akousi symbolickou jednotkou na plnenie reprezentačných úloh.
Po novembrovej revolúcii v roku 1989, a predovšetkým po iniciatíve česko-slovenského prezidenta Václava Havla, ktorý inklinoval k tradíciám prvej republiky a odkazu T. G. Masaryka, sa tradícia Hradnej stráže po päťdesiatich rokoch znovuobnovila.
Dňa 30. januára 1990 prijalo Federálne zhromaždenie zákon č. 20/1990 Zb. o zriadení Správy ochrany prezidenta Česko-slovenskej socialistickej republiky a o Hradnej stráži Československej socialistickej republiky.
V § 3, ods. 1 bola zakotvená úprava o prechode podriadenosti:
„Hradná stráž Československej socialistickej republiky (ďalej len Hradná stráž) sa vyčleňuje z vojsk ministerstva vnútra a začleňuje do Československej ľudovej armády; podriaďuje sa náčelníkovi Vojenskej kancelárie prezidenta Československej socialistickej republiky.“
Konkrétne úlohy pre Hradnú stráž boli stanovené v § 4, ods. 1:
- vykonáva vonkajšiu ochranu areálu Pražského hradu, zabezpečuje jeho obranu a vykonáva vonkajšiu ochranu a obranu objektov, ktoré sú dočasným sídlom prezidenta Československej socialistickej republiky a jeho hostí,
- organizuje a zabezpečuje vojenské pocty najmä pri oficiálnych návštevách predstaviteľov iných štátov a pri prijatí vyslancov u prezidenta Československej socialistickej republiky.
V rámci procesu rozdelenia Česko-Slovenskej federatívnej republiky k 31. decembru 1992 prevelili rozkazom veliteľa Hradnej stráže číslo 217/1992 zo dňa 16. decembra 1992 všetkých príslušníkov Hradnej stráže slovenskej národnosti k Vojenskému útvaru číslo 4613 – Čestnej stáži Bratislavskej posádky.