Hlavné úlohy útvaru:
1. Vykonávanie čestného stráženia sídla prezidenta Slovenskej republiky a hostí prezidenta Slovenskej republiky v tomto sídle,
2. Organizovanie a vykonávanie vojenských pôct, najmä pri oficiálnych návštevách predstaviteľov iných štátov a pri prijímaní vedúcich diplomatických misií prezidentom Slovenskej republiky,
3. V čase vojny, vojnového stavu, výnimočného stavu a núdzového stavu plní úlohy ochrany prezidenta Slovenskej republiky a obrany jeho sídla.
Čestná stráž prezidenta SR sa tiež podieľa na riešení úloh súvisiacich s domácim krízovým manažmentom. Najvýznamnejšie úlohy boli predovšetkým tie, ktoré súviseli s opatreniami v boji proti pandémii Covid-19 a úlohy spojené s riešením migračnej krízy po začatí ruskej agresie voči Ukrajine.
Čestná stráž poskytuje svoj príspevok aj do mierových misií v rámci medzinárodného krízového manažmentu, predovšetkým do misií UNFIYCP a EUFOR ALTHEA.
Hlavnou úlohou útvaru v čase mieru je vzorná reprezentácia úradu prezidenta Slovenskej republiky, Slovenskej republiky a jej Ozbrojených síl, ktorá je realizovaná výkonom vojenských pôct a čestného stráženia sídla prezidenta. Z tohto dôvodu musia príslušníci útvaru spĺňať jedinečné požiadavky, disponovať špecifickými osobnostnými a fyzickými predpokladmi nevyhnutnými na výkon funkcie, ako sú spoľahlivosť, zodpovednosť, flexibilita, odolnosť voči fyzickej a psychickej záťaži. Charakteristickou črtou príslušníka ČS PSR je profesionalita, odbornosť, hrdosť a vernosť Slovenskej republike.
Ďalšou dôležitou úlohou je príprava príslušníkov Čestnej stráže na ochranou prezidenta Slovenskej republiky a obranu jeho sídla. Na tieto aktivity je zameraný bojový výcvik. Jeho súčasťou sú hlavne strelecká, taktická, zdravotnícka a spojovacia príprava. Každý profesionálny vojak musí dokonale ovládať základné bojové zručnosti jednotlivca a malej skupiny. Okrem bojového výcviku prebieha v útvare a vo výcvikových zariadeniach Ozbrojených síl SR aj špecializovaný odborný výcvik, cvičenia a odborné kurzy, ktoré sú určené pre inštruktorov streleckej a taktickej prípravy, inštruktorov sebaobrany a ostreľovačov. Útvar pri realizácií výcviku spolupracuje s jednotkami Síl pre špeciálne operácie, Centrom výcviku Lešť, Hradnou strážou Praha a útvarmi policajného zboru.